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根据2016年3月研究所官网显示，中国科学院福建物质结构研究所有国家级重点实验室1个，国家级工程技术研究中心1个，中科院重点实验室3个，福建省级重点实验室1个，福建省级工程技术研究中心1个，福建省级技术开发基地1个，福建省级科技创新平台1个；此外设有结构化学基础研究室、纳米材料研究室、理论与计算化学研究室、晶体材料研究室、材料化学与物理研究室、激光工程研究室、化学生物学研究室、应用化学研究中心、先进材料研究中心等10个研究室（中心）。国家级重点实验室：结构化学国家重点实验室国家级工程技术研究中心：国家光电子晶体材料工程技术研究中心中科院重点实验室：中科院功能纳米结构设计与组装重点实验室、光电材料化学与物理重点实验室、煤制乙二醇及相关技术重点实验室福建省级重点实验室：福建省纳米材料重点实验室、福建省纳米材料工程实验室福建省级工程技术研究中心：福建省激光技术集成与应用工程技术研究中心福建省级技术开发基地：福建省光电子晶体材料与器件行业技术开发基地福建省级科技创新平台：福建省光电子晶体材料及器件产业技术创新联盟根据2016年3月研究所官网显示，中国科学院福建物质结构研究所在2010年以来，福建物构所共承担973、863科技计划、国家科技支撑计划、国家基金创新群体、国家杰出青年基金项目、中科院重大/重要方向项目、福建省科技重大专项等国家、省部级各类重要科研计划项目约上百项。共有二十多项成果获得国家和省、部级奖励，热点论文科学鉴赏力指数在化学领域居全国的第3位。1998－2007年SCI累计被引用论文篇次位居全国科研机构第10位，SCI收录论文数连续五年、SCI被引用论文篇数连续四年名列全国科研机构前十位。国家发明奖项目名称主持（参与）人获奖类别获奖时间多波长光参量激光器（协作）吴柏昌等国家发明奖二等奖1998新型非线性光学晶体三硼酸锂（LBO）陈创天、吴以成、江爱栋国家发明奖一等奖1991多波长光参量激光器（协作）吴柏昌等国家发明奖二等奖1998新型非线性光学晶体三硼酸锂（LBO）陈创天、吴以成等国家发明奖一等奖1991参考资料：国家自然科学奖项目名称主持（参与）人获奖类别获奖时间新型无机聚合物的设计合成、结构规律与性能研究洪茂椿、吴新涛等国家自然科学奖二等奖，2004年第14届福建省王丹萍科学技术二等奖2002钼（钨）铜（银）一硫三元簇合物系的合成与结构化学吴新涛、杜少武等国家自然科学奖四等奖1997铜、银异金属簇合物的分子设计吴新涛、杜少武等中科院自然科学奖一等奖1996钼、铁、硫等原子簇化合物的合成化学和结构化学卢嘉锡及其研究集体国家自然科学奖二等奖94年福建王丹萍科技奖二等奖1993钼（钨）铜（银）一硫三元簇合物系的合成与结构化学吴新涛、杜少武等国家自然科学奖四等奖1997钼、铁、硫等原子簇化合物的合成化学和结构化学卢嘉锡及其研究集体国家自然科学奖二等奖94年福建王丹萍科技奖二等奖1993天花粉蛋白的化学——一级结构、二级结构空间结构研究潘克桢、林玉娟等国家自然科学奖二等奖1987参考资料：国家科学技术进步奖项目名称主持（参与）人获奖类别获奖时间高质量晶体元器件和模块与全固态激光技术林文雄，洪茂椿等国家科学技术进步奖二等奖2011高质量与大口径KDP类型晶体的研制颜明山、苏根博等国家科技进步奖二等奖1996KF-D001双波长晶体连续激光器和KF-S0011300nm晶体连续激光器沈鸿元、周玉萍等国家科技进步奖三等奖1996高转换效率自倍频激光晶体掺钕硼酸铝钇（NYAB）江爱栋、罗遵度等国家科技进步奖二等奖94年福建王丹萍科技奖二等奖1993高质量与大口径KDP类型晶体的研制颜明山、苏根博等国家科技进步奖二等奖1996KF-D001双波长晶体连续激光器和KF-S0011300nm晶体连续激光器沈鸿元、周玉萍等国家科技进步奖三等奖1996高转换效率自倍频激光晶体掺钕硼酸铝钇（NYAB）江爱栋、罗遵度等国家科技进步奖二等奖94年福建王丹萍科技奖二等奖1993太阳磁场望远镜（协作）陈在得国家科技进步奖一等奖1988参考资料：国际奖项目名称主持（参与）人获奖类别获奖时间晶体非线性光学效应的基团理论和新型非线性光学材料探索陈创天第三世界科学院化学奖1988参考资料：《结构化学》是由中国科学院主管，中国化学会、中国科学院福建物质结构研究所主办的学术性期刊。1982 年由中国著名化学家卢嘉锡院士创办。《结构化学》主要报道晶体学，量子化学，药物、材料和催化剂等领域物质性能与结构关系的文章。《结构化学》是中国自然科学核心期刊，中国科技论文引文数据库来源及统计源期刊，被美国SCI、英国剑桥数据库、德国无机化学数据库、中国学术期刊（光盘版和中国期刊网）和万方等数据库收录。

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