该刊曾多次荣获全国高等院校优秀学报奖和河南省优秀科技期刊奖, 2008年被评为河南省一级期刊，在中国科学评价研究中心（Research Center for Chinese Science Evaluation，RCCSE）、武汉大学图书馆、武汉大学信息管理学院共同研发的国内外第一种中国学术期刊分类分级排行榜和权威、核心期刊指南—《中国学术期刊评价研究报告》（2009—2010）中被评为“RCCSE中国核心学术期刊”。《新乡医学院学报》1995年学报荣获全国高校优秀学报三等奖，河南省优秀学报一等奖，1996年获河南省优秀科技期刊一等奖，1998年获河南省优秀科技期刊二等奖，1999年获河南省优秀学报一等奖。2000年荣获《中国学术期刊（光盘版）检索与评价数据规范》执行优秀奖。
